Фатима Кукеева является содиректором проекта аль-Фараби Карнеги по Центральной Азии и профессором факультета международных отношений Казахского Национального Университета им. аль-Фараби.
Ф. Кукеева, специалист в области международных отношений и безопасности, является автором двух монографий и целого ряда научных статей по вопросам евроатлантических отношений, политики США в Центральной Азии и внешней политики США.
В 2004 г. Ф. Кукеева защитила докторскую диссертацию в КазНУ им. аль-Фараби по специальностям история международных отношений и всеобщая история. В 2005 г. Ф. Кукеева стала заведующей кафедрой международных отношений и внешней политики Республики Казахстан, а в 2007 г. получила ученое звание профессора истории.
Профессор Кукеева также руководит Ресурсным центром американских и демократических исследований при КазНУ им. аль-Фараби, который был открыт в 2004 г. для развития американских исследований в Республике Казахстан. Она является обладателем президентского гранта «Лучший преподаватель года» (2007), и награждена званием “Выдающийся ученый” (2008).