陈琪​曾是清华–卡内基全球政策中心的驻会研究员，任期至2020年6月。

作为中美关系、全球治理和中国外交政策领域的专家，陈琪曾在清华－卡内基中心主管中美二轨对话项目。该项目为中美学者提供沟通和交流的平台，围绕中美双边关系和东亚地区事务中重要的议题展开讨论，从而促进中美决策者之间的相互理解和信任，推动中美双边关系发展和东亚地区的稳定。

陈琪同时也是清华大学社会科学学院国际关系学系教授。此外，他还是《国际政治科学》（Chinese Journal of International Politics）副主编。2006至2008年，陈琪还担任了联合国人类安全委员会伙伴国专家组成员。

陈琪出版了大量著述，主要代表作有：《国家间干涉理论:春秋时期的实践及对当代中国的启示》（2012年）、《中国崛起与世界秩序》（2011年）、《遏制与绥靖》（2004年）等。他还发表了多篇学术论文探讨国际制度设计与全球政治经济和贸易问题。

陈琪分别于2005年及2001年在伊利诺伊大学政治系及麻省理工学院国际问题研究中心担任访问学者。